Omdat Melick en Herkenbosch eeuwenlang een pastoor met elkaar moesten delen er ook lange tijd onduidelijke blijven bestaan over de al dan niet zelfstandige status van de parochie Herkenbosch die aan St. Sebastianus (20 januari) is toegewijd. Feit is dat ook Herkenbosch kan bogen op oude kerkelijke geschiedenis, getuige het dertiende-eeuwse priesterkoor dat nog altijd bewaard gebleven. Helaas is de oude luidklok uit 1300 door oorlogsgeweld verloren gegaan. Van oudsher wordt in Herkenbosch de H. Lucia (13 december) bijzonder vereerd.
Nadat Herkenbosch al in 1758 een ‘vicaria-curata’ (een soort rectoraat) was geworden, werd de aloude kerkelijke band tussen Melick en Herkenbosch in 1795 (vlak vóór Franse tijd) definitief doorgeknipt en werd Herkenbosch een zelfstandige parochie. van 1801/1802 tot 1821/23 behoorde de parochie tot het bisdom Aken. In de jaren 1886-1889 werd de kerk uitgebreid. Bij die gelegenheid bleef het bijzondere, 13e eeuwse mergelstenen priesterkoor (met ‘merkwaardig kruisgewelf’) behouden, terwijl de toren naar plannen van Joh. Kayser werd verhoogd en van een nieuwe spits voorzien. Toen deze kerk vijftig jaar later weer te klein bleek, werd het schip naar plannen van architect C. Franssen uitgebreid en de oude toren vervangen door een nieuwe (1924).
De huidige St. Sebastianuskerk dateert uit 1949, dat wil zeggen de buitenkant. De binnenkant ademt nog altijd de sfeer van de oude kerk uit 1924 die begin 1945 zwaar beschadigd raakte. De huidige kerk had ernstig te lijden onder de aardbeving van april 1992. Bij het herstel van de aardbevingsschade werd de oude (stenen) torenbekroning vervangen door de huidige houten spits. Aan de Wijngaardstraat staat de sfeervolle Fatimakapel uit 1957. Die buurtschap behoort tot de parochie Herkenbosch, evenals de Meinweg, Reewoude, de Koezoep en Herkenbosch-Station. Voor de bewoners van de Meinweg hebben jarenlang de paters Assumptionisten zorggedragen, die zich in 1950 in Herkenbosch vestigden en waarvan de laatste begin 2020 kwam te overlijden. Verder waren er vanaf 1930 tot 1991 Liefdezusters van de H. Carolus Borromeüs (‘Zusters Onder de Bogen’) in Herkenbosch werkzaam.
Kerkelijk (DTB-)registers worden sinds 1679 gevoerd. De oudste zijn ook digitaal raadpleegbaar.
L. Arts, A. Beckers en J. Heemels: In ’t oude kerkje voor ’t altaar – de kerken van Herkenbosch, uitgave b.g.v. de officiële heropening van de R.K. kerk St. Sebastianus na het herstel van de aardbevingsschade (1994) – nog beperkt verkrijgbaar